พฤติกรรมการออกแบบและมาตรฐานหลักของรถไฟ JR
1. ผนังห้องโดยสารตั้งตรงจนถึงเพดาน ไม่โค้งเข้าหาตัวรถ 2. ไม่มีเสาจับตรงกลางทางเดินในรถ แต่มีในบริเวณที่นั่งในรถธรรมดา 3. รถท้องถิ่นหน้ารถหน้าตัด ไม่เรียวไม่ยื่น
4. รถด่วนพิเศษเบาะนั่งจะปรับทิศทางหันหน้าเข้าขบวนรถ 5. รถธรรมดา(ท้องถิ่น) ที่นั่งจะเป็นแบบนั่งพิงกำแพงยกเว้นตู้ GREEN CAR ที่ที่นั่งเป็นแบบรถด่วนพิเศษ
6. GREEN CAR เทียบเท่าชั้น 2 ในรถธรรมดา และเทียบเท่าชั้น 1 ในรถด่วนพิเศษ 7. รถชานเมืองจะมี 4 ประตู ท้องถิ่นมี 3 ประตู และรถด่วนพิเศษ
จะมี 1 ประตูอยู่ท้ายตู้โดยสาร 8. ป้าย LED มักจะแจ้งเลขคัน, ประเภทและเลขขบวนรถ, สถานะรถจอง, ชื่อขบวนรถ, และจุดหมายปลายทางของขบวนรถไว้ในป้ายเดียว โดยจะไม่แจ้งสถานีต้นทางของขบวนรถ ทั้งบนป้ายและเสียงประกาศ 8. ตัวรถมองจากด้านข้างจะเป็นสี่เหลี่ยมผืนผ้า ด้านข้างจะเป็นจตุรัส จะไม่เป็นคางหมูหรือสามเหลี่ยมคว่ำเหมือนสปรินเตอร์ หรือหกเหลี่ยมเหมือนประเทศอื่น และขอบรถจะไม่โค้งมนเหมือนประเทศอื่นๆ
JR-EAST(ภูมิภาคคันโตและโทโฮคุ)
1. หมายเลขตู้โดยสารจะไม่อยู่บนป้าย LED แต่จะติดสติ๊กเกอร์อยู่ที่บริเวณข้างประตูและมุมซ้ายของห้องโดยสาร เนื่องจากจำนวนรถต่อคัน Fixed มากกว่าภูมิภาคอื่น
2. รถชานเมืองจะโชว์สีสแตนเลสและคาดแถบสีประจำสายขนาดใหญ่เด่นกว่าภูมิภาคอื่น โดยในบางรุ่นจะมีเฟรมหน้าสีขาว และเน้นสีขาวมากกว่าภูมิภาคอื่นๆ
4. รถด่วนพิเศษมักจะใช้สีขาวเป็นโทนหลักและบางรุ่นห้องขับจะสูงกว่าห้องโดยสารโดยมีประตูเชื่อม Gangway อยู่ใต้ห้องขับ(รุ่น E259, E353)
JR-WEST(ภูมิภาคคินกิ โฮคุริคุและจูโกคุ)
1. รถท้องถิ่นจะโชว์สีแตนเลส ด้านหน้าสีเงินมุก และมีแถบสีน้ำเงินเข้มขนาดใหญ่อยู่ในระดับเดียวกับหน้าต่าง ใต้หน้าต่างจะคาดแถบสีประจำสายเล็กๆ ไว้
2. รถท้องถิ่นจะแสดงเลขคันที่ป้ายบอกปลายทางขบวนรถ 3. รถด่วนพิเศษจะแยกเลขคันออกจากป้ายบอกชื่อขบวนรถ มาอยู่ที่บ้ายข้างประตูในระดับสายตา
JR-CENTRAL(ภูมิภาคจูบุ)
1. มักใช้สีส้มคาดใต้หน้าต่าง และในรถด่วนพิเศษบางรุ่นจะคาดแถบสีดำขนาดใหญ่ในระดับเดียวกันกับหน้าต่าง
JR-HOKKAIDO
1. มักจะโชว์สีสแตนเลส และมักจะใช้สีฟ้าอมม่วงและเขียวอยู่บริเวณประตูรถ 2. รถด่วนพิเศษมักจะทำห้องขับสูงกว่าห้องโดยสารเช่นเดียวกับ JR-East
JR-SHIKOKU
1. ป้าย LED ข้างตัวรถจะแบ่งงานเป็นสองป้าย ป้ายแรกบอกเลขคันและสถานะรถจอง ป้ายสองบอกชนิดขบวนหรือชื่อขบวนพร้อมเลขขบวนพร้อมสถานีปลายทาง
2. ริ้วขบวนสั้นกว่าภูมิภาคอื่นๆ โดยทั่วไปจะอยู่ที่ 1-5 คัน
JR-KYUSHU
1. ป้าย LED ข้างรถเป็นสี่เหลี่ยมจัตุรัสและบอกรายละเอียดทั้งภาษาอังกฤษและญี่ปุ่นในคราวเดียวโดยไม่สลับต่างจากภูมิภาคอื่น
2. ตำแหน่งโถงประตูของคันปิดหัวท้ายขบวนจะอยู่ตรงกึ่งกลางของขบวนรถ ห้องโดยสารคันปิดหัวท้ายจะแบ่งเป็นสองฝั่งคือชั้นธรรมดากับชั้น GREEN CAR
3.รถท้องถิ่นมักจะใช้สีดำที่ด้านหน้าของขบวนรถ 4. รถด่วนพิเศษทุกรุ่นจะทำหน้าเรียวและยื่นคล้ายรถไฟความเร็วสูง
